Este Final Fantasy cuenta la historia de cuatro jóvenes, del pueblo de Uru, que un dÃa estaban haciendo un hoyo cuando derepente encontraron el misterioso Santuario del Cristal del Viento. En este santuario, descubren que han sido los elegidos para restaurar el equilibrio entre la Luz y la Oscuridad, estos elegidos se llaman "Los Cuatro Caballeros de la Luz".
Después de unas cuantas aventuras, consiguen una nave para asi salir de su continente flotante y explorar nuevos sitos. Al salir de su continente descubren que el mundo esta sumergido en el agua, pero con la ayuda de Elia y del cristal del agua consiguen que el agua baje de nivel.
Pero esto no es todo, suben a la Torre de Cristal para encontrar a Zande, quien es un poderoso brujo el cual esta corrompido por el ansia de poder, por lo que se piensa que es él el problema del mundo. Al acabar con él los caballeros de la luz, estos se encuentran ante una gran Nube de Oscuridad a la que se tienen que enfrentar. En ese instante son transportados al mundo de la oscuridad, donde encuentran a "Los Guerreros Oscuros" que son (como te podrás imaginar ^^) sus opuestos.
En este momento empieza la aventura para salvar al planeta.